Цирконсодержащий природный силикат ZrSiO4 называется цирконом (Zircon) или гиацинтом (hyacinth), широко распространен в природе, с разнообразием красивых цветов от оранжевого до красного, с древних времен он считается драгоценным камнем, говорят, что слово Zircon происходит от арабского слова Zarquūn, что означает киноварь, и также говорят, что оно произошло от персидского слова Zargun, что означает золото, а гиацинт происходит от греческого слова «лилия», а островное государство Шри-Ланка в Индийском океане богато цирконом. Драгоценные камни, содержащие цирконий как форму циркона, известны с древних времен.
В 1789 году немец М. Х. Клапрот обнаружил, что при изучении циркона он был эвтектичен с гидроксидом натрия, охлаждающую жидкость растворяли соляной кислотой, к раствору добавляли карбонат калия, осадок фильтровали и очищали, а затем осадок совместно кипятили с серной кислотой, после чего отфильтровывали оксид кремния, кальций, магний, оксид алюминия, который не был обнаружен, выпадал в осадок после добавления к раствору карбоната калия, этот осадок не растворялся в щелоке, как глинозем, и не взаимодействовал с кислотой, как оксид магния, Клапрот считал, что этот осадок отличается от ранее известных оксидов, и состоит из Zirkonerde (цирконий, нем.), и вскоре французский химик де Бот Морюо и Воклен подтвердили правильность анализа М. Х. Клапрота, латинское название элемента — Zirconium, а символ — Zr, что на китайский язык переводится как цирконий.
В 1808 году британец Х. Дэви использовал электрический ток для разложения соединений циркония, но безуспешно. В 1824 году шведский ученый Й. Й. Берцелиус впервые использовал калий для восстановления K2ZrF6 с целью получения металлического циркония, но он был недостаточно чистым. Формула реакции была следующей: K2ZrF6 + 4K=Zr + 6KF. В реакции в качестве восстановителя также может использоваться Na. До 1914 года два исследователя Лели и Хэм на заводе по производству металлических ламп накаливания в Нидерландах Бругер помещали безводный тетрахлорид циркония и избыток металлического натрия в пустой шар, нагревали электрическим током до 500 градусов и получали чистый металлический цирконий.
Полностью чистый цирконий был получен только в 1925 году голландскими химиками Антоном Эдуардом ван Аркелем и Яном Хендриком де Буром путем разложения тетраиодида циркония (ZrI4). Цирконий производится в больших количествах путем нагревания тетрахлорида циркония с магнием.